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化学式ワープロと分子軌道計算〜量子力学もコンピュータで解こう〜

情報処理概論 WebClass Google+ files syllabus 52227 C1 情報機器の準備

工場のしくみp.80p.166 材料物性の予測・・・分子軌道計算。エネルギー最少。 ハードウェア込みで500万円超?、アカデミックディスカウント。 計算科学の歴史。1953年 MD、1973年、ガウシャンPDP-11、1985年80386DX。

特許と化学式

電子出願ソフトサポートサイト

特許 の明細書に分子式を記述するときの 画像ファイル の形式は?

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化学構造の表現・表記

SMILES記法

International Chemical Identifier(InChI)

SMILES記法チュートリアル

化学式ワープロ

ChemBioDraw/ChemDraw

Accelrys Draw(アクセリシスドロー)

ChemDraw

ChemDraw for iPad

コンピュータの進歩と計算化学

1970年 Gussian登場, PDP-11,非経験的分子軌道法,ab initio分子軌道法

1983年 MOPACが登場, 半経験的分子軌道法

分子軌道法

原子と原子は静電気力で結びつく。化学結合にはイオン結合、共有結合、金属結合などがある。 固体には、塩化ナトリウムなどのイオン結晶、 ダイヤモンドやケイ素などの共有結合からなる共有結晶、 銀などの金属結合からなる金属結晶、 供給結合からなる分子が弱い力でくっつくドライアイスなどの分子結晶などがある。 液体は水のように分子からなる液体、 塩化ナトリウムを高温でナトリウムイオンと塩化物イオンがイオン液体(熔融塩)、 銀が自由に動き回る溶融金属、などがある。 ドライアイスやヨウ素などの分子結晶は昇華しやすく、液体にはなりにくい。

有機化学美術館

分子全体に広がる一電子空間軌道関数である分子軌道によって、分子を構成する個々の電子の状態が記述される。 この分子軌道を計算して、分子の電子状態を求める方法が分子軌道法である。コンピュータで計算する手法である.

PVDF (©赤間未行

一分子では,世の中にあるものは作れません.最低 1molは必要!

SCIGRESS(サイグレス)

Gaussian(ガウシャン)

Winmostar(ウィンモスター)

Gaussian < パッケージプログラム | 計算科学研究センター

IT創薬

オンライン反応経路および化学構造の探索

クラウド上のAIコンピューティングサービス。これから台頭してくると思われる。

Reaxys (リアクシス)

SciFinder,化学構造による特許の検索可

化学工学系ソフトウェア

化学工学系ソフトウェア | 菱化システム

Aspen Plus

分子動力学

分子動力学シミュレーション | 京

リチウムイオン電池 〜分子の宇宙から未来の電池へ〜

SCIGRESS MD-ME

生命科学系分子科学計算ソフトウェア

結晶構造 可視化ソフト

VESTA

CrystalMaker (クリスタルメーカー)

学術情報基盤センターが提供するソフト

BIOVIA Draw

SCIGRESS

研究室のPCでの利用

山形大学工学部学術情報基盤センタ−が提供するソフトウェアリスト

学術情報基盤センターでの利用

実習室のWindows PCにログオン後
[スタート] → [SCIGRESS 2.7.0] → [Workspace]

例) フェリシアニド([Fe(CN)6]3-)錯体の分子軌道計算

同時使用ライセンス(フローティングライセンス)

80プログラムの同時起動が可能

分子軌道計算では初期配座が重要

ChemSpider: http://www.chemspider.com/
alpha-Cyclodextrinで検索する。3D表示する。mol形式でダウンロードする。 サイグレス で開く。

シクロデキストリンの構造

構造最適化を行う。MOに関してはライセンスの上限があるので先着順です! 構造最適化が終わったらHOMOとLUMOの波動関数を計算する。

計算方法はどうやるの?

Gaussianでギブスの自由エネルギーを求める方法
検索キーワード:gibbs free energy gaussian Google
文献などのExampleを探しましょう.基本は,物理化学


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https://edu.yz.yamagata-u.ac.jp/Public/52227/52227_06.asp